Agrogenómica

Uno de los principales problemas de la agricultura es la presencia de agentes biológicos (bacterias, hongos y virus) que causan daños en la producción agrícola, la cual genera pérdidas en económicas en la agricultura.

En el caso de las enfermedades virales, muchas de ellas son detectadas por pruebas de ELISA (enzyme-linked immunoassay) tienen límites de detección por lo que puede tener resultados con cierto grado de incertidumbre. A la fecha no se cuentan con información genómica que nos permita desarrollar un sistema de detección.   A través de las técnicas de secuenciamiento masivo (GBS) es posible identificar las especies de patógenos potenciales que afectan a los cultivos. La identificación de estos permitiría implementar una estrategia para mejorar la calidad de los productos, así como también evitar los lotes de rechazo en las exportaciones.

En la actualidad se vienen realizando trabajos de genotipificación en diferentes especies cultivadas como también en animales a través de la técnica de SNP (Single Nucleotide Polymorhism). Una de las maneras cómodas para la detección de las variaciones núcleotidicas de una determinada porción del genoma es a través de un PCR en tiempo final con sondas específicas para la hebra en sentido directo o inverso con la cual se puede detectar la variación núcleotidica de nuestra secuencia de interés.

La tecnología de KASP, Permite la detección de los SNPs de la población en estudio con la cual se pueden realizar trabajos asociados al mejoramiento genético tanto en animales y en vegetales. Esta técnica puede ponerse a punto en un termociclador en tiempo real como en el sistema Intelliqube.

Dentro de los trabajos de mejoramiento genético se cuentan con un panel de marcadores SNP (100-1000) que permitan evaluar a los individuos de las poblaciones en estudio con los caracteres de interés a través de la selección genómica.

A través del sistema Targeted GBS es unaplataforma de genotipaje Secuenciamiento de los SNPs, el cual provee una eficiencia en costos, es flexible y escalable. El sistema se adapta a un secuenciador Illumina para la secuenciación masiva.

Los trabajos de genotipado por secuenciamiento se viene implementando en especies de importancia económica (plantas y animales) para identificar marcadores SNPs que permitan asociar con carácter fenotípico cuantitativo. También los SNP detectados permiten realizar trabajos asociados a diversidad genética y a estructura poblacional. 

Existen diferentes técnicas que abordan esta tecnología como RADsequencing, ddRADsequencing, Whole Genome Sequencing, SKim sequencing, las cuales difieren del nivel de profundidad de la secuenciación y de la pregunta de investigación por parte del investigador.

Los experimentos de análisis del transcriptoma permiten a los investigadores caracterizar la transcripción (codificante y no codificante), centrarse en un subconjunto de genes y transcritos objetivos relevantes, o perfilar miles de genes a la vez para crear una imagen global de la función celular. Los estudios de análisis de expresión génica pueden proporcionar una instantánea de los genes y transcritos expresados ​​activamente en diversas condiciones.

Las capacidades de secuenciación de próxima generación (NGS) han cambiado el alcance de la transcriptómica del interrogatorio de unos pocos genes a la vez al perfilado de los niveles de expresión génica de todo el genoma en un solo experimento.

A la fecha se viene desarrollando estudios para conocer la diversidad microbiana de los suelos, de cuerpos de agua, como también se emplea para estudios clínicos o veterinarios.

Los proyectos de metagenómica permite la identificación de la comunidad microbiana a través de la secuenciación de nueva generación de las regiones conservadas  de los genes 16 S, 18 S ó ITS.