Uno de los principales problemas de la agricultura es la presencia de agentes biológicos (bacterias, hongos y virus) que causan daños en la producción agrícola, la cual genera pérdidas en económicas en la agricultura.
En el caso de las enfermedades virales, muchas de ellas son detectadas por pruebas de ELISA (enzyme-linked immunoassay) tienen límites de detección por lo que puede tener resultados con cierto grado de incertidumbre. A la fecha no se cuentan con información genómica que nos permita desarrollar un sistema de detección. A través de las técnicas de secuenciamiento masivo (GBS) es posible identificar las especies de patógenos potenciales que afectan a los cultivos. La identificación de estos permitiría implementar una estrategia para mejorar la calidad de los productos, así como también evitar los lotes de rechazo en las exportaciones.
